ในปี ค.ศ. 1806 รัฐซัคเซิน จึงได้แยกตัวออกจากจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ โดยความช่วยเหลือของนโปเลียน อีเล็กเตอร์เฟรเดอริก เอากุสตุส ที่ 3 จึงได้สถาปนาตนเองขึ้นเป็น กษัตริย์เฟรเดอริก เอากุสตุสที่ 1 แต่การเลือกอยู่ข้างนโปเลียนนี่เองที่ทำให้ เฟรเดอริกต้องโทษจำคุกในปี ค.ศ. 1813 ภายหลังจากกองทัพนโปเลียนแตกพ่ายแก่กองทัพพันธมิตรกษัตริย์ ในสงครามแห่งชนชาติที่เมืองไลพ์ซิจ แต่ภายหลังได้รับการปล่อยตัวและคืนตำแหน่งให้ปกครองดินแดนแห่งนี้ดังเดิม ตามมติของการประชุมใหญ่แห่งเวียนนา แต่ถูกริบดินแดนในส่วนที่เป็นรัฐซัคเซิน-อันฮัลท์ให้แก่ปรัสเซีย นับแต่นั้นมารัฐซัคเซินจึงเหลือดินแดนอยู่ดังที่เป็นในปัจจุบัน

ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1849 เป็นต้นมา รัฐซัคเซินก็เป็นส่วนหนึ่งของประเทศสหพันธรัฐเยอรมนีมาโดยตลอด กระทั่งในปี ค.ศ. 1945 เยอรมนีภายใต้การนำทัพนาซีของฮิตเลอร์พ่ายสงครามให้แก่กองทัพสัมพันธมิตร จึงถูกแยกเป็นส่วนหนึ่งของประเทศเยอรมนีตะวันออก ภายใต้การปกครองระบบคอมมิวนิสต์ รัฐซัคเซินจึงถูกแยกการปกครองออกเป็น 3 ส่วน ได้แก่ เดรสเดิน ไลพ์ซิจ และคาร์ลมาร์ก (เคมนิทซ์ในปัจจุบัน) กระทั่งในปี ค.ศ. 1990 จึงได้กลับมารวมภายใต้ประเทศสหพันรัฐเยอรมนีอีกครั้ง